Tích lũy được khối tài sản lớn, Zuckerberg đã sử dụng hàng triệu đô la để tài trợ cho một loạt các hoạt động thiện nguyện. Zuckerberg đã tặng một số tiền cho Diaspora, một máy chủ Web cá nhân mã nguồn mở thực hiện dịch vụ mạng xã hội.[28] Zuckerberg thành lập quỹ Start-up: Education (Tạm dịch: Quỹ Giáo dục Khởi nghiệp).[29][30]

Trong năm 2010, anh thực hiện nhiều hoạt động từ thiện. Tháng 9 năm đó, anh đã quyên tặng 100 triệu đô la để tài trợ hệ thống trường công Newark ở New Jersey.[31][32] Sau đó ít lâu, vào tháng 12, Zuckerberg ký vào cam kết "Lời hứa trao tặng", qua đó, anh cam kết quyên góp ít nhất 50% tài sản để tài trợ các hoạt động từ thiện trong suốt cuộc đời.[33]

Vào ngày 19 tháng 12 năm 2013, Zuckerberg đã tuyên bố một khoản quyên góp 18 triệu cổ phiếu của Facebook cho Quỹ Cộng đồng Thung lũng Silicon. Vào thời điểm này, số cổ phiếu này có tổng giá trị khoảng 990 triệu USD. Vào ngày 31 tháng 12 năm 2013, khoản đóng góp này đã được công nhận là món tiền từ thiện lớn nhất và được đưa vào danh sách kỷ lục năm 2013.[34] Các hành động từ thiện hào phóng, Mark và vợ được đánh giá trong top 50 người Mỹ hào phóng nhất năm 2013, với số tiền quyền góp khoảng 1 tỷ USD.[35]

Tháng 10 năm 2014, Zuckerberg và vợ ông Priscilla Chan tặng 25 triệu đô la Mỹ để nhằm tài trợ cho việc chống lại virus Ebola, đặc biệt là dịch cúm heo ở Tây Phi.[36][37]